1. skupščina, v okviru katere delujejo skupščinski svet, regijski odbori, nadzorni odbor in volilna komisija;
2. predsednik zbornice in vodstvo;
3. izvršilni odbor, v okviru katerega delujejo:
- odbor za osnovno zdravstvo,
- odbor za bolnišnično in specialistično zdravstvo,
- odbor za zobozdravstvo,
- svet za izobraževanje in usposabljanje zdravnikov,
- odbor za strokovno-medicinska vprašanja,
- odbor za pravno-etična vprašanja,
- odbor za socialno-ekonomska vprašanja in
- odbor za zasebno dejavnost;